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ソフトウェア特許は、もともと発明が「機械的な実物があるもの」という前提に作られていたこともあり、あつかいにかなり議論や方針点があった。今日ではそれもひと段落した感じはあるが、この記事では、有名なソフトウェア特許の実例と、裁判例を紹介する。日本の事例について述べる。
はじめはプログラムなどの著作権としての扱いから始まった側面がある。
1982 ：スペースインベーダーパート2事件
東京地裁がプログラムを著作物として認めた例として、かなり衝撃を与えた。
背景としては、1970年代後半からのゲーム産業の勢いにより広く普及したということがあった。
1992年：Chompというゲームの映像が、パックマンの映像の複製だとして損害賠償をもとめ争われた。
結果は複製と認められ、著作権侵害となった。
実際のChompの映像が上のものであるが、パックマンじゃん、といったところである。
2002年頃：ファイナルファンタジー(FF)にて、アクティブタイムバトルシステムの特許がとられる。戦闘の流れによって時間の流れが変わる。それまでのRPGでは、戦闘のたびにゲームの時間は止まっていたが、このシステムのおかげで、臨場感が増すことになった。
スクウェアエニックスがソフトウェア特許の流れにうまく対応した。
2000年頃：マピオン特許が取得される。
凸版印刷株式会社が開発。デジタル地図のうえに店舗や事務所のアイコンを掲示し、位置、広告の内容などをていきょうする。利用者はそれらをクリックして情報を閲覧できる。広告主が広告の入力を手元のコンピュータからネットでできる。
1980代：ワープロの興隆期。このとき、ワープロ本体は特許で保護できるが、中のプログラムなどは、対象外になってしまう、という問題があった。
1995 ：USPTO（アメリカの特許管理組織）が記憶媒体も権利をみとめる。これは日本でも衝撃を持って受け取られた。のちに、プログラム記憶媒体も権利の対象となるにいたった。
1998 ：EPO（欧州の特許管理組織）コンピュータプログラムも権利の範囲とみとめる。これも日本には衝撃を持って受け取られた。このあとに日本でもプログラムも認める動きが活発になる。
2002年：プログラム等が認められることが特許法に明記される。